Docteur en Biologie Cellulaire et Moléculaire

Compétence en Biologie moléculaire, Biochimie, Biologie cellulaire,

Génétique et Écologie microbienne            

Mon CV                                                                                                  

État-civil

Objectifs

Passionnée de sciences biologiques, mon parcours universitaire a toujours été orienté vers la recherche fondamentale. J'ai axé ma formation initiale sur les domaines de la biologie et la physiologie animales pour accéder à une spécialisation en biologie cellulaire et moléculaire. Mon intérêt pour l'adaptation évolutive des mécanismes cellulaires fondamentaux mis en place par chaque organisme pour faire face aux variations environnementales a toujours guidé mes choix de recherche. Depuis je n'ai de cesse d'essayer d'appréhender et de comprendre les éléments fondateurs de la diversité biologique.

Expérience

Septembre 2007- Août 2009: Université Pierre et Marie Curie-Paris6

Attachée Temporaire d'Enseignement et de Recherche de l'Université Pierre et Marie Curie-Paris06 en poste à Banyuls sur mer dans l'équipe du Pr. Philippe Lebaron UMR7621, LOMIC, Observatoire Océanologique, F-66651, Banyuls/mer, France.

Thèmatique de recherche: Élaboration d'outils moléculaires combinés à la cytométrie en flux pour l'étude de la diversité microbienne en milieu marin.

Avril 2007 - Août 2007 : Naturalia et Biologia

Ingénieur de recherche contractuel dans l'équipe de microbiologie marine du Pr. Philippe Lebaron, UMR 7621, LOMIC, Observatoire Océanologique, F-66651, Banyuls/mer, France.

Thèmatique de recherche: Élaboration d'outils moléculaires combinés à la cytométrie en flux pour l'étude de la diversité microbienne en milieu marin

Septembre 2006 - Février 2007 : CNRS

Ingénieur de recherche contractuel dans le cadre du projet ANR " Génomique Fonctionnelle chez les Dinoflagellés " dans l'équipe du Dr. Hervé Moreau UMR7628, Observatoire Océanologique, F-66651, Banyuls/mer, France.

Thèmatique de recherche: Etude de la biosynthèse de l'amidon chez le dinoflagellé Crypthecodinium cohnii

Mars 2005 - Août 2006

Congé parental

Novembre 2001 - Octobre 2004 : Saint Georges Hospital Medical School

Chercheur post doctoral dans l'équipe du Dr. Sue Cotterill, Basic Medical Sciences Department St Georges Hospital Medical School, Londres, United Kingdom.
Thèmatique de recherche: Étude de la protéine DF31 (Decondensation Factor of 31 kDa) chez Drosophila melanogaster

Octobre 1998 - Octobre 2001 : MENRT

Doctorat de biologie cellulaire et moléculaire dans l'équipe du Dr. Hervé Moreau UMR7628, Observatoire Océanologique, F-66651, Banyuls/mer, France.

Thèmatique de recherche: Identification et caractérisation de protéines nucléaires impliquées dans la régulation de la transcription chez les dinoflagellés

 Septembre 1997 - Septembre 1998

Diplôme d'Études Approfondies de Physiologie et Génétique Moléculaires dans l'équipe du Dr. Hervé Moreau UMR7628, Observatoire Océanologique, F-66651, Banyuls/mer, France.

Thèmatique de recherche: Identification et caractérisation des partenaires potentiels de la protéine nucléaire Dinap1 chez le dinoflagellé Crypthecodinium cohnii

Janvier 1997 - Juin 1997: University of Oklahoma

Technicienne stagiaire dans le laboratoire du Dr. Bruce Roe, University of Oklahoma, USA.

Thèmatique de recherche: Formation aux techniques de " shot-gun " et de séquençage, et aux outils de traitement et d'analyse des séquences dans le cadre du consortium international de séquençage du génome humain. (Bras long du chromosome 22 humain).

Publications internationales à comité de lecture

1. GUILLEBAULT D., LAGHDASS M., CATALA P., OBERNOSTERER I.  AND LEBARON P. (2010) "An improved method of bacterial cell capture after flow cytometry cell sorting" Applied Environmental Microbiology, Published ahead of print on 3 September 2010, doi:10.1128/AEM.00621-10 NB: Impact Factor 2009 = 3.686
2. DESCHAMPS P., GUILLEBEAULT D., DEVASSINE J., DAUVILLEE D., HAEBEL S., STEUP M., BULEON A., PUTAUX J. L., SLOMIANNY M. C., COLLEONI C., DEVIN A., PLANCKE C., TOMAVO S., DERELLE E., MOREAU H. AND BALL S. (2008) "The heterotrophic dinoflagellate Crypthecodinium cohnii defines a model genetic system to investigate cytoplasmic starch synthesis." Eukaryotic Cell 7: 872-880. NB: Impact Factor 2009 = 3.806
3. DUFERNEZ F., DERELLE E., NOEL C., SANCIU G., MANTINI C., DIVE D., SOYER-GOBILLARD M.O., CAPRON M., PIERCE R.J., WINTJENS R., GUILLEBAULT D., VISCOGLIOSI E. (2008). "Molecular Characterization of Iron-Containing Superoxide Dismutases in the Heterotrophic Dinoflagellate Crypthecodinium Cohnii." Protist, 159: 223-238. NB: Impact Factor 2009 = 3.853
4. GUILLEBAULT D., COTTERILL S. (2007). The Drosophila Df31 protein interacts with histone H3 tails and promotes chromatin bridging in vitro. Journal of Molecular Biology, 373(4):903-12. NB: Impact Factor 2009 = 3.871
5. GUILLEBAULT D., SASORITH S., DERELLE E., WURTZ J.M., LOZANO J.C., BINGHAM S., TORA L., MOREAU H. (2002). A new class of transcription initiation factor, intermediate between TBPs and TLFs is present in the marine unicellular organism: The dinoflagellate Crypthecodinium cohnii. J. Biol. Chem., 277(43): 40881-40886. NB: Impact Factor 2009 = 5.328
6. SOYER-GOBILLARD, M.O., BESSEAU, L., GÉRAUD, M.L., GUILLEBAULT, D., ALBERT, M., PERRET, E. (2002). Cytoskeleton and mitosis in the dinoflagellate Crypthecodinium cohnii: immunolocalization of P72, an HSP70-related protein. European Journal of Protistology, 38 (2), 155-170. NB: Impact Factor 2008 = 1
7. GUILLEBAULT D., DERELLE E., BHAUD Y., MOREAU H. (2001). Role of nuclear WW domains and prolin-rich proteins in Dinoflagellates transcription. Protist, 152: 127-138. NB: Impact Factor 2009 = 3.853
8. BHAUD Y., GUILLEBAULT D., LENNON J.-F., DEFACQUE H., SOYER-GOBILLARD M.-O., MOREAU H. (2000). Morphology and behaviour of dinoflagellate chromosomes during the cell cycle and mitosis. J. Cell Sci., 113: 1231-1239. NB: Impact Factor 2008 = 6.144

Communications orales

1. GUILLEBAULT D., CREVEL G, COTTERILL S (2003) "DF31, a protein involved in the chromatin architecture", séminaire au Saint Georges Hospital Medical School, Londres, Royaume-uni.
2. GUILLEBAULT D., DERELLE E., BHAUD Y., GERAUD M.-L., ALBERT M., SOYER-GOBILLARD M.-O., MOREAU H. (2001). Présentation vulgarisée des principaux travaux de thèse aux membres du jury du prix Daniel Jouvance. 
3. GUILLEBAULT D., DERELLE E., BHAUD Y., GERAUD M.-L., ALBERT M., SOYER-GOBILLARD M.-O., MOREAU H. (2001). "Chromatin and transcription in the heterotrophic dinoflagellate Crypthecodinium cohnii", séminaire au Saint Georges Hospital Medical School, Londres, Royaume-uni.

Conférences internationales

1. 4th International conference on analysis of microbial cells at the single cell level, Bad Schandau, Germany, May 22nd-25th 2008. Poster: GUILLEBAULT D., CATALA P. AND LEBARON P. " Molecular analysis of HNA and LNA bacterioplankton using flow cytometer and polymerase chain reaction. " 
2. 9th International Conference on Harmful Algal Blooms, Hobart, Tasmania, Australia, 7-11 Mars 2000. Poster : GUILLEBAULT D., DERELLE E., BHAUD Y., GERAUD M.-L., ALBERT M., SOYER-GOBILLARD M.-O., MOREAU H. (2000). Nuclear proteins potentially involved in the control of the transcription in the heterotrophic dinoflagellate Crypthecodinium cohnii. 
3. 9th International Genome Sequencing and Analysis Conference. Hilton Head, South Carolina, USA. September 13-16, 1997. Poster: HUA-QIN PAN, CRABTREE J., MALAJ' E., GUILLEBAULT D., DUMANSKI J. AND ROE B. A. "Large Scale Sequencing of Three Meningioma Deletion Regions on Chromosome 22". Microbial & Comparative Genomics. 1997, 2(3): 198-228

Formation

2001 Thèse de Biologie Cellulaire, financée par une allocation MENRT, soutenue à l'Université de Montpellier II, le 17 octobre 2001 (mention très honorable).

Directeur de thèse: Dr. Hervé Moreau, DR2 CNRS
Laboratoire: Laboratoire Arago, UMR 7628 Unité de biologie cellulaire et intégrée.
Titre : " Chromatine et transcription chez les dinoflagellés: identification et caractérisation de protéines nucléaires impliquées dans la régulation de la transcription. "

1998 DEA de Physiologie et Génétique Moléculaires, Université Blaise Pascale, Clermont Ferrand. (Mention assez bien).

1997 Certificate of completion for coursework in molecular biology and biochemistry, MS grade A (excellent), Spring Academic Term, The University of  Oklahoma, Norman Campus.

1996 Certificate of completion for Biology Research, Summer Academic Term, The University of Oklahoma, Norman Campus.

1996 Maîtrise de Biologie Cellulaire et Physiologie, Université Blaise Pascale, Clermont Ferrand.

1995 Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie, Université Blaise Pascale, Clermont Ferrand. (Mention assez bien)

Domaines de compétences

Conception, élaboration et conduite de projets :

• veille littéraire et synthèse des connaissances sur un sujet donné
• élaboration d'une démarche expérimentale
• évaluation de la faisabilité d'un projet
• maîtrise des connaissances et techniques de biologie moléculaire, cellulaire, de biochimie et de microbiologie environnementale (incluant l'utilisation d'appareils de séparation de protéines, de microscope à fluorescence, de cytomètre en flux, de séquenceur automatique…)
• réalisation expérimentale d'un projet, mise au point et optimisation de techniques et protocoles
• critique des résultats et réorientation des objectifs du projet

Communication orale et écrite

• rédaction des résultats sous forme de rapport ou d'articles
• communication orale dans le cadre de séminaires
• réalisation de posters pour des conférences
• vulgarisation de connaissances scientifiques pour le grand public (Fête de la Science)
• représentation du personnel au sein d'un conseil administratif

Encadrement

• Attachée Temporaire d'Enseignement et de Recherche (Université Paris06, Pierre et Marie Curie)
• assistante d'enseignement dans le cadre de travaux pratiques
• transmission de connaissances,
• conseils aux étudiants dans leur travail
• gestion d'une association à but non lucratif

Linguistique

• Anglais couramment parlé, lu et écrit
• Allemand
• Italien (notions)
• Utilisation de programmes de traitements et d'analyses de données biologiques et d'internet

Expertise

Biologie moléculaire et biochimie:

• Clonage d’ADN, construction de banques de clones, séquençage automatique
• PCR qualitative, RT-PCR, PCR quantitative en temps réel sur gènes et transcrits,
• Criblages de banque d’ADN complémentaire d’expression
• Analyse d'empreintes génétiques par électrophorèse capilaire (Capillary Electrophoresis Single Strand Conformation Polymorphism: CE-SSCP)
  
• Expression de protéines recombinantes, mutagenèse dirigée, Southern et northern blot
• Préparation d'extraits cellulaires totaux ou nucléaires, isolation de noyaux à l’aide de la French-press et de gradients de sucrose.
• SDS-PAGE, western blot, far western, purification d’anticorps et de protéines par affinité, radio-marquage de protéines par la [35S]-méthionine
• Expériences de phosphorylation de protéines
• Techniques d’étude des interactions protéines-ADN, immunoprécipitations, GST-pull down, étude d’interaction de protéines en système de levure double hybride.
• Extraction d'histones à partir d'extraits cellulaires bruts, purification d'histones recombinantes, purification de protéines par FPLC (Fast Protein, Peptide and Polynucleotide Liquid Chromatography)
• Utracentrifugation (Beckman XL-1) et utilisation des logiciels DC/DT+ et Ultrascan 6.0.

Bioinformatique: 

• Utilisation des programmes de traitement et d’analyse de séquences: PHRED, XGAP, XGRAIL, Blast, ProDom, Clustal, MOTHUR, Clusterer, PAST, PRIMER6 [liste non exhaustive]
• Utilisation des bases de données générales et spécifiques (GenBank, RDP, GreenGene [liste non exhaustive])
• Analyses multidimensionnelles (PCA, NMDS...) et statistiques de données de séquençage (XLSTAT)

Biologie cellulaire:

• Culture de cellules eucaryotes (cellules S2 de drosophile, levures [Saccharomyces cerevisiae], algues unicellulaires [Crypthecodinium cohnii]) et de bactéries (Escherichia coli)
• Études de la cinétique du cycle cellulaire à l’aide de drogues par cytométrie en flux.
• Utilisation d'un cytométrie en flux couplé à un trieur
• Immuno-cytochimie, microscopie à épi-fluorescence
• Hybridation in situ (Catalyzed reporter deposition Fluorescence In Situ Hybridization)
• ARN interférence
• Élevage et génétique des populations de Drosophila melanogaster

Administration et responsabilités collectives

• Représentante des étudiants de l'Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer  au conseil de laboratoire de 1999-2000.
• Représentante des étudiants de l'Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer  au conseil d'administration en 1999-2000.
• Obtention du Prix Daniel Jouvance pour les travaux de recherche menés sur le phytoplancton marin (travaux de thèse) en 2001
• Participation aux manifestations " fête de la science " en 1998, 2000, 2007 et 2008.